Santa Gertrudis liegt im geografischen Zentrum der Insel und ist eine der drei Pfarreien von Ibiza, die nicht ans Meer grenzt. Fast das gesamte Gebiet liegt zwischen 100 und 300 m über dem Meeresspiegel. Der höchste Punkt ist Sa Torreta (344 m). Der größte Teil des Gebiets besteht aus Materialien aus dem Quartär, das vor 2,59 Millionen Jahren begann und bis heute andauert. Es war zu Beginn dieses Zeitraums, als der Homo Sapiens auf die Erde kam und auch als große Pflanzen- und Tierarten ausstarben. Ein wichtiger Teil des Dorfgebietes ist Ackerland. In den Tiefebenen zeigt die Anwesenheit von Oleanderbüschen das Vorhandensein von feuchten Böden an. Die rötliche Farbe des tiefen, steinarmen Bodens der Ebenen ist sehr fruchtbar. Im Gegensatz dazu ist der Boden an höheren, felsigen Orten weißer, fast immer von Wald bedeckt und weniger rentabel für die Landwirtschaft. Es gibt Mastixsträucher, Wacholder, Ginster, Rosmarin, Besenginster, Mandelbäume, Johannisbrotbäume und ein Meer aus Mohnblumen, die im Frühling die Felder bunt färben. Der Fluss Santa Eulària bildet das größte hydrografische Becken der Insel und durchquert Santa Gertrudis von Nordwesten nach Südosten, wodurch wichtige Netzwerke von Grundwasser entstehen. In dieser Gegend gibt es einige weitere Bäche, Kanäle und Bäche, sowie Brunnen und Schöpfräder. Es gab ein Dutzend Wasserbecken; dies sind kleine Staudämme, die das Wasser anheben und für die Bewässerung großer landwirtschaftlicher Flächen kanalisieren. Ganz in der Nähe der Kirche gibt es auch einen Brunnen. Tatsächlich wurde beschlossen, die Kirche an der Stelle zu bauen, an der es einen reichlichen Brunnen gab, und sie der Jungfrau Santa Gertrudis zu widmen.